执行摘要

Dask生命科学研讨会是2021年Dask峰会的一部分。本次研讨会的闪电演讲可在此处获取，您可以继续阅读了解活动摘要。

什么是Dask生命科学研讨会？

Dask生命科学研讨会作为2021年Dask峰会的一部分举行。目前许多生命科学领域的人在使用Dask，但各个小组相对独立。本次研讨会为我们提供了一个相互学习的机会，也提供了找出常见问题和改进领域的机会。

本次研讨会包括

 
• 预先录制的闪电演讲
 
• 互动讨论环节（欧洲、大洋洲和美洲时区均可参与）
 
• 整个Dask峰会期间的异步文字聊天

如果我错过了，如何补上？

如果您错过了Dask峰会，可以在YouTube上补看。此处提供所有生命科学闪电演讲的播放列表可在此处获取。

您也可以加入我们在Slack上的#life-science频道：点击此处获取邀请链接。

谁来了？

我们邀请了生命科学研讨会的与会者进行简短的问答，讨论他们使用Dask的工作。这只是参与者的一小部分，许多人参加了会议但没有进行问答。

这些回复概述了社区中人们正在进行的各种工作。以下是一些问答，排名不分先后。

姓名： Tom White
时区： 欧盟/英国
您从事什么类型的科学研究？ 统计遗传学
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 大规模运行逐行线性回归。
您接下来想用Dask做什么？ 协同优化公共工作流（GWAS）。
闪电演讲： 点击此处

姓名： Giovanni Palla
机构： 慕尼黑亥姆霍兹中心
时区： 欧洲
您从事什么类型的科学研究？ 计算生物学和空间转录组学
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 使用dask-image进行图像处理。
**您接下来想用Dask做什么？** 与Squidpy进一步集成。
**闪电演讲：** 点击此处

姓名： Isaac Virshup
机构： 墨尔本大学。开源项目Scanpy和AnnData时区： AEST
您从事什么类型的科学研究？ 单细胞组学数据。
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？
我曾用Dask进行了一些嵌套的“极其并行”计算。拥有一个智能调度器和良好的监控功能使得这项任务变得非常简单，特别是与multiprocessing或joblib相比。
您接下来想用Dask做什么？
我很想将AnnData（一个用于处理单细胞检测数据的容器）与dask集成。该领域的数据集大小不断增加，无论可用内存多少，都能处理最新、最棒的数据集将是一件好事。
由于我们严重依赖稀疏数组，实现这一目标的关键一步将是让dask内部更好地支持稀疏数组（特别是CSC和CSR）。毕竟，如果我们的扩展策略需要数倍的总内存，那就不太理想了！作为维护者，我很乐意听取人们关于与dask良好集成的分布式工具的经验。
闪电演讲： 点击此处

姓名： Anna Kreshuk
机构： 欧洲分子生物学实验室
时区： CEST (GMT+2)
您从事什么类型的科学研究？ 用于显微镜图像分析的机器学习。
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 我们运行了许多图像处理工作流，想看看在这种情况下如何利用Dask。

姓名： Beth Cimini
机构： Broad研究所
时区： 美国东部
您从事什么类型的科学研究？ 用于显微镜成像的用户友好型图像分析工具。
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 让Dask在CellProfiler中工作，以便轻松地对大型图像进行高通量分析！
闪电演讲： 点击此处

姓名： Volker Hilsenstein
机构： EMBL / Alexandrov实验室
时区： 中欧夏令时
您从事什么类型的科学研究？ 空间代谢组学，结合显微镜和质谱。
我想用dask尝试什么： 融合大型图像或图像卷的镶嵌图，这些图像或图像卷可进行仿射变换到统一坐标系。

姓名： Marvin Albert
机构： 苏黎世大学
时区： UTC/GMT +2
您从事什么类型的科学研究？ 生命科学/图像分析
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？您接下来想用Dask做什么？ 并行化/减少图像处理任务的内存占用，并定义可在不同计算环境中运行的工作流。
闪电演讲： 点击此处

姓名： Jordao Bragantini
机构： CZ Biohub
时区： 太平洋夏令时 (UTC -7)
您从事什么类型的科学研究？ 光片显微镜
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 极大数据集的图像处理。
您接下来想用Dask做什么？ 实现细胞分割算法。
闪电演讲： 点击此处

姓名： Josh Moore
机构： 开放显微镜环境 (OME)
时区： CEST
您从事什么类型的科学研究？ 生物成像（RDM基础设施）
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 主要通过HTTP访问大型图像（Zarr）卷。您接下来想用Dask做什么？ 改善典型使用模式的预取，可能集成多尺度数据（例如谷歌地图缩放）。
闪电演讲： 点击此处

姓名： Jackson Maxfield Brown
时区： PST
您从事什么类型的科学研究？ 细胞生物学，特别是显微镜学和计算生物学。
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？ 构建了一个支持元数据/基于元数据的显微镜成像读取库，它使用Dask根据元数据维度信息按块读取任意大小的图像。还使用Dask + Prefect构建了TB级图像处理管线。
您接下来想用Dask做什么？ 与其他库更紧密地集成。我看到了RAPIDs团队的cuCim，并希望与他们合作，创建一个更通用的“生物图像规范”，以便我们都能良好协作。
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姓名： Gregory R. Lee
机构： Quansight
时区： EST (UTC-5)
您从事什么类型的科学研究？ 科学软件开发（背景为磁共振成像研究）。
您曾用Dask尝试过（或想尝试）什么？
在过去的研究工作中，我主要在两种场景下使用Dask，都在单个工作站上进行

 
1. 通过在CPU上并行处理图像块来实现多线程（例如dask-image中的方式）
 
2. 在GPU上对大型体数据（即10-100 GB大小的CuPy数组）进行串行分块处理，以减少峰值内存需求。

您接下来想用Dask做什么？
审计scikit-image函数，确定哪些可以轻松地使用dask-image中的分块方法进行加速。理想情况下，一部分函数可以直接接受dask数组作为输入，而不是要求用户学习Dask的map_overlap等才能使用此功能。
闪电演讲： 点击此处

接下来是什么？

Dask目前正在考虑为生命科学社区举办“办公时间”（答疑时间）。如果我们能找到足够多的维护者主持一小时的问答环节，我们将试行一段时间。