Dask去年获得了CZI Essential Open Source Software资助计划第二轮的资金。这笔资金用于聘请Genevieve Buckley从事Dask的工作，重点是生命科学。上个月，Dask向CZI提交了一份中期进展报告，涵盖2021年2月至9月期间的工作。该进展更新全文发布如下，以与更广泛的Dask社区分享。

进展概述

简要摘要

Dask研究员的工作范围包括代码贡献、会议演讲和教程、社区参与以及包括博客文章在内的推广活动。

 本提案的主要交付成果是与相邻软件项目的一致性和成功。

项目迄今为止的工作包括

 
• 在5个不同的存储库中合并了38个拉取请求（另有6个草稿拉取请求）。
 
• 3次会议（演讲和专业研讨会组织）
 
• 1个半天研讨会（另有1个即将举行）
 
• 监督Dask的Google编程之夏项目学生
 
• 9篇博客文章（另有2篇即将发表的草稿）

代码贡献

代码贡献不仅限于主Dask存储库，还包括使用Dask的相邻软件项目（例如napari软件项目），包括：dask、dask-image、dask-examples、napari & napari.github.io。

迄今为止，Dask研究员在上述五个存储库中贡献了

 
• 38个拉取请求
 
• 6个草稿拉取请求
 
• 12个已关闭的拉取请求（未合并，被另一种方法取代）

Dask研究员是dask-image项目的官方维护者，该项目实现的其他里程碑包括

 
• 维护者团队增加了一名成员（我们欢迎Marvin Albert加入）
 
• 2020年发布了2个新的dask-image版本

代码贡献亮点

亮点包括

使更广泛社区受益的Bug修复

• ‍dask PR #7391：这个PR修复了Dask的bincount函数输出的切片问题。这个修复的影响很大，因为它解决了在四个独立项目中提交的问题：scikit-image、dask-ml、xgcm/xhistogram以及cupy dask测试。      
 

扩展的GPU支持

• dask PR #6680：这个PR为*_like数组创建函数中不同数组类型提供了支持。现在用户可以创建类似cupy的Dask数组用于GPU处理，或者任何其他数组类型（例如：sparse）。
• dask-image PR #157：这个PR为dask-image项目中的二值形态学函数提供了GPU支持。
 

惠及所有Dask用户的可视化工具

• dask PR #7716：这个PR会自动在jupyter notebook单元格输出中显示高级图可视化（低级图已经自动实现了）。      
• dask PR #7763：这个PR为Dask的HighLevelGraph对象引入了HTML表示形式。这使得用户和开发者能够更轻松地检查HighLevelGraphs的结构和状态。
• 在Dask Google编程之夏项目期间进一步开发，完整报告请参见此处。
 

高级图

• dask PR #7595：这个PR为数组重叠引入了高级图层。高级图是我们可以用来优化Dask性能的工具。      
• dask PR #7655 (进行中)：这个PR为Dask数组切片操作引入了高级图。
 

内存改进 (进行中)

• dask PR #8124 (进行中)：这个PR研究了针对由重塑Dask数组引起的内存问题的改进自动分块策略。      
• dask PR #7950 (进行中)：这个PR旨在通过自动分块Dask数组来改进tensordot函数的内存使用和性能。
• dask PR #7980 (进行中)：这个PR旨在修复tensordot中无限内存使用的问题，该问题报告于此处。

会议

2021年重要的会议活动包括SciPy会议、Dask峰会和VIS2021。

SciPy 会议

Dask研究员在2021年SciPy会议上发表了题为“Scaling Science: leveraging Dask for life sciences”的演讲。完整记录可在此处查看。

Dask 峰会

Dask研究员在2021年Dask峰会上组织了两次研讨会

 
1. Dask Down Under (与Nick Mortimer共同组织)，以及
 
2. Dask生命科学研讨会

Dask Down Under

Dask Down Under 的范围更像是一个针对澳大利亚时区的小型会议，而不是典型的研讨会。Dask Down Under 包括为期两天的活动，涵盖

 
• 5场演讲
 
• 2个教程
 
• 1场小组讨论
 
• 1场见面交流活动

它受到了社区的热烈欢迎。关于Dask Down Under活动的完整报告请参见此处。Dask Down Under活动的YouTube播放列表可在Dask YouTube频道此处查看。

Dask生命科学研讨会

Dask生命科学研讨会包括

 
• 15场预先录制的闪电演讲
 
• 3次互动讨论时间（覆盖欧洲、大洋洲和美洲时区）
 
• Dask峰会期间的全程异步文字聊天

关于Dask生命科学研讨会的完整报告请参见此处。所有Dask生命科学闪电演讲的YouTube播放列表可在Dask YouTube频道此处查看。

VIS2021 研讨会

Dask研究员受邀参加了2021年2月的VIS2021研讨会，担任小组讨论成员。“问题解决者”小组讨论涵盖了图像分析中的实际问题以及Dask和napari等工具如何帮助解决这些问题。

教程和研讨会

Dask研究员与Juan Nunez-Iglesias在2021年澳大利亚光学显微镜会议上共同主持了一个半天（五小时）的研讨会。napari是一个开源多维图像查看器，使用Dask构建用于核外图像处理。研讨会内容可在此链接查看：https://github.com/jni/lma-2021-bioimage-analysis-python/

即将举行的研讨会：Dask研究员受邀在即将举行的NEUBIAS Academy上，就使用Dask处理napari和大数据的问题进行研讨会。研讨会内容可在此链接查看：https://github.com/GenevieveBuckley/napari-big-data-training

Google编程之夏

Dask研究员在2021年指导了一名Google编程之夏学生。Martin Durant担任了副指导老师。该项目持续了3个月，涉及实现多项功能以改进Dask图和对象的可视化。关于Dask GSOC项目的完整报告请参见此处。

博客文章

我们设定了每月一篇博客文章的目标，并超额完成。迄今为止，Dask研究员已发表九篇博客文章，另有两篇目前处于草稿状态。

 
1. 了解生命科学社区
 
2. 使用PyTorch和Dask进行大规模图像分析 (与Nick Sofreniew合著)
 
3. 骨架分析
 
4. 2021年Dask峰会上的生命科学
 
5. 2021年Dask用户调查现已发布
 
6. Dask Down Under (与Nick Mortimer合著)
 
7. 不规则输出，如何处理形状尴尬的结果
 
8. 高级图更新
 
9. Google编程之夏 2021 - Dask项目

草稿状态，即将发布

 
• 马赛克图像融合 (与Volker Hisenstein合著)
 
• 2021年Dask用户调查结果